Trayectoria
Danubio FC
Nació en Toledo, Canelones, y durante su niñez en el C.C.S y D. Toledo Jrs. Hizo su debut profesional el 10 de noviembre de 2012, bajo la dirección de Juan Ramón Carrasco, con Danubio Fútbol Club en la Primera División de Uruguay contra Central Español Fútbol Club, partido en que ingresó a los 46 minutos, perdiendo su equipo 1-0.
Su primer partido completo fue a la semana siguiente el 17 de noviembre de 2012, en el que Danubio enfrentaba al Club Atlético River Plate en un duelo por la Primera División de Uruguay, Danubio perdió el partido por 2-0, jugando de local.
Atlético de Madrid
El 25 de abril de 2013 se confirmó que José María Giménez había firmado con Atlético de Madrid de España para la temporada 2013-14. Debutó el 14 de septiembre de 2013, en un partido en el Vicente Calderón ante el Almería por la fecha 4, que finalizó con un resultado de 4-2 a favor del equipo local. El 18 de diciembre jugó su primer partido de Copa del Rey en la victoria por 2-1 ante el Sant Andreu que clasificaba a los rojiblancos para la siguiente ronda. Estos dos fueron los únicos partidos que disputó Giménez durante la temporada en la que consiguió el título de Liga pese a disputar un único partido.
En la temporada 2014-15 se proclamó campeón de la Supercopa de España tras derrotar por 1-0 al Real Madrid C. F. De nuevo no jugó ningún minuto aunque sí fue convocado y estuvo en el banquillo. El 6 de diciembre de 2014 anotó su primer gol con la camiseta rojiblanca. Tras una asistencia de Arda Turan puso el cero a uno en el marcador frente al Elche Club de Fútbol en la decimocuarta jornada de Liga. El partido finalizó con victoria del Atlético de Madrid por cero a dos. Durante su segunda temporada en el club disputó muchos más partidos que la anterior alternando la titularidad con Miranda como pareja central de Diego Godín.
